Madrasah Aliyah Nahdlatul Ulama Lekok menggunakan kitab kuning sebagai sumber belajar utama untuk mapel PAI. Aqidah ahlaq, alquran hadits, fiqih dan SKI merupakan mata pelajaran agama yang dipelajari siswa Madrasah Alyah sesuai ketentuan dari pemerintah. Adapun materi yang dipelajari menyesuaikan dengan materi yang sudah ditentukan kementrian agama, hanya saja sumber belajarnya diambilkan dari kitab-kitab kuning sebagaimana diajarjkan di pondok pesantren.

Ada beberapa pertimbangan sebagai dasar kenapa menjadikan kitab kuning sebagai sumber belajar utama pada mapel PAI, diantaranya :

1. Otentisitas sumber: Kitab kuning merupakan karya ulama klasik yang dianggap lebih otentik dan dekat dengan sumber asli ajaran Islam. Para ulama pengarang kitab kuning rata-rata punya sambungan sanad keilmuan yang jelas
2. Pendalaman bahasa Arab: Penggunaan kitab kuning membantu siswa mengembangkan kemampuan bahasa Arab mereka, yang penting dalam studi Islam. Bahasa arab menjadi salah satu kunci untuk menguasai mata pelajaran PAI, jadi penting untuk diupayakan para siswa supaya menguasai bahasa arab. salah satu upaya yang dilakukan di madarasah aliyah nahdlatul ulama lekok adalah dengan melazimi diperdengarkan bahasa arab melalui kajian kitab kuning saat kbm mapel PAI.
3. Metode pembelajaran tradisional: Sistem pembelajaran kitab kuning dapat meningkatkan interaksi guru-murid. Mulai dari pengaturan tempat duduk, pembaca kitab bisa bergantian, diskusi sepanjang waktu, sorogan, dan semacamnya yang itu semua membuat interaksi guru murid menjadi lebih intens dan nyaman.
4. Pemahaman kontekstual: Kitab kuning sering menyajikan pembahasan yang lebih mendalam dan kontekstual dibanding buku pelajaran modern. Setiap kata yang tersusun dalam kalimat pada kitab kuning pasti merupakan kutipan dari para ulama sebelumnya. Tetapi, ada pengembangan dari ulama pengarang kitab yang menyesuaikan dengan kondisi zaman beliau hidup.
5. Pengembangan kemampuan analisis: Membaca dan memahami kitab kuning melatih siswa untuk menganalisis teks secara kritis.Kitab kuning bisa dikritisi tiap kata, karena memang setiap kata yang terangkai menjadi kalimat dalam kitab kuning ada dasarnya dan mengandung maksud tertentu. Ada dasar maksudnya adalah mengutip perkataan ulama lain atau ada dasar naqli yang megiringi dan juga pengembangan dari pemikiran ulama sebelumnya yang dikontektualkan ke masa sekarang. 
6. Pengenalan warisan intelektual: Siswa diperkenalkan pada warisan intelektual Islam yang kaya.
7. Fleksibilitas materi: Guru dapat memilih bagian-bagian tertentu dari kitab kuning yang sesuai dengan kebutuhan pembelajaran.
8. Kontinuitas tradisi: Penggunaan kitab kuning membantu melestarikan tradisi keilmuan Islam klasik